Các chương trình tiến sĩ tại CEU là các chương trình học được tài trợ đầy đủ với thời gian tiêu chuẩn là 4 năm và cấp bằng của Hoa Kỳ và Áo. Mục đích chính của chương trình tiến sĩ về Nghiên cứu thời cổ đại, thời trung cổ và hiện đại sớm là khuyến khích nghiên cứu chủ nghĩa trung cổ xuyên ngành, mở ra những quan điểm mới và phát triển các phương pháp tiếp cận mới.